Nació en Huara, norte de Chile, lugar donde tuvo una temprana formación musical en el estudio del piano. Una vez que su familia se trasladó a Santiago, tomó clases de música en un conservatorio particular del barrio Brasil. En su adolescencia decidió dedicarse a esta disciplina de manera profesional, matriculándose en el Conservatorio Nacional de Música —actual Departamento de Música y Sonología de la Facultad de Artes de la Universidad de Chile—, donde obtuvo el grado de Licenciado en Música, mención Teoría General. Allí estudió composición con Jorge Urrutia Blondel, complementando su formación con los cursos de apreciación musical dictados por Juan Orrego-Salas, las clases de orquestación con el holandés Fré Focke, junto a la intensa actividad artística que compartió con miembros de su generación, destacando a José Vicente Asuar, Gustavo Becerra, Juan Allende y Juan Pablo Izquierdo. Es así como sus composiciones se ven fuertemente nutridas por el estilo de doce sonidos y la estética atonal libre, nombrada por Aguilar (2009) como “tonalidad ampliada”. Gracias a la influencia de Focke y del director alemán Hermann Scherchen —músico que visitó Chile en los años 1947 y 1948—, esta estética se fue complementando con elementos tanto de la técnica neoclásica como de la técnica aleatoria. Su catálogo incluye obras para orquesta sinfónica, diversas agrupaciones de cámara y solistas. La mayoría fueron estrenadas e incluso algunas recibieron premios del Instituto de Extensión Musical. Respecto a su enfoque creativo, es importante destacar que Aguilar comprende la composición como un acto reflexivo y evolutivo, y es por ello que en varios casos se ve en la obligación de corregir sus obras, producto de su constante cuestionamiento estético.
A sus 25 años, en 1956, recibe la invitación del Conservatorio Superior de Música de la Universidad de Concepción para participar como correpetidor en las puestas en escena de óperas, junto al grupo de músicos que luego formaría la Orquesta Sinfónica de Concepción y su Coro Sinfónico. Entre los años 1961 y 1962 viaja a Alemania, para perfeccionarse en dirección de orquesta con Wolfgang von der Nahmer, en la Escuela Superior de Música de Colonia. Posterior a ello, regresa a Concepción, a la misma universidad, donde además de liderar la mediación artística de la nueva música —realizando conciertos con música de Cage, Webern, Schönberg o Stravinsky—, fue profesor titular, protagonista de la formación musical de la región del Bío Bío, dictando clases de análisis, armonía, lectura, historia de la música, lectura de partituras y contrapunto. Tuvo algunos alumnos de composición, pero según el comentario realizado por el propio Aguilar, en el artículo Conversaciones con Miguel Aguilar, escrito por José Miguel Ramos en la Revista Neuma, comenta:
Tal vez la razón más directa por la que abandoné las clases de composición es porque no existía la posibilidad de que se interpretaran las obras. Hacer clases de composición sin tener la oportunidad de que la persona escuche sus obras no funciona, y no existía esa posibilidad aquí. (Ramos, 2009, p.122)
En el año 2006 fue galardonado con el Premio Presidente de la República; también con el Premio Regional del Bío Bío de Artes Musicales “Claudio Arrau”. Junto con ser profesor titular de la Universidad de Concepción, fue miembro del Comité Editorial de la Revista Musical Chilena.